創(chuàng)建于19、20世紀(jì)之交的圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院、震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院和同德醫(yī)學(xué)院三座古老的醫(yī)學(xué)殿堂，于1952年合并成立了
上海第二醫(yī)學(xué)院，1985年改名上海第二醫(yī)科大學(xué)。2005年7月，兩所有著百余年辦學(xué)歷史的大學(xué)——上海交通大學(xué)和上海第二醫(yī)科大學(xué)合并，成立了新上海交通大學(xué)和上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院。
醫(yī)學(xué)院堅持發(fā)揚“海納百川、博采眾長”的優(yōu)良傳統(tǒng)，大力弘揚“博極醫(yī)源、精勤不倦”的醫(yī)學(xué)院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學(xué)風(fēng)格和特色。兩校合并之后，醫(yī)學(xué)院人在“除人類之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“飲水思源、愛國榮?！钡呢?zé)任與夢想。
學(xué)院擁一批國內(nèi)著名的醫(yī)學(xué)專家和學(xué)者，有中國科學(xué)院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學(xué)家4人等一批在國內(nèi)外有一定影響的學(xué)者。三級以上教授有57人，這些老專家大多有了第二代或第二代傳人。隨著“211工程”、“跨世紀(jì)人才培養(yǎng)工程”全面實施，醫(yī)學(xué)院以創(chuàng)新思路大膽引進(jìn)海外頂尖人才，加大人才培養(yǎng)力度，一批在國內(nèi)外有影響的學(xué)科帶頭人和優(yōu)秀中青年骨干脫穎而出。
在黨的教育方針指導(dǎo)下，根據(jù)社會對醫(yī)學(xué)人才的需求，學(xué)院的辦學(xué)規(guī)模和教學(xué)質(zhì)量有了很大的提高。從建校初期的2各本科專業(yè)、3個?？茖I(yè)發(fā)展為有臨床醫(yī)學(xué)八年制和口腔醫(yī)學(xué)七年制兩個長學(xué)制專業(yè)和臨床醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、護(hù)理學(xué)、公共事業(yè)管理、生物醫(yī)學(xué)工程、營養(yǎng)學(xué)、市場營銷、藥學(xué)等本科專業(yè)。
學(xué)院歷來重視基礎(chǔ)與臨床教學(xué)基地建設(shè)，在長期的醫(yī)學(xué)教育實踐中，形成了重視臨床實踐、全面提高素質(zhì)、嚴(yán)格質(zhì)量把關(guān)、力求改革創(chuàng)新的教學(xué)傳統(tǒng)和特色。目前擁有瑞金醫(yī)院、仁濟(jì)醫(yī)院、新華醫(yī)院、上海市第九人民醫(yī)院、上海市第六人民醫(yī)院、上海市第一人民醫(yī)院、上海市第三人民醫(yī)院等7所綜合性附屬醫(yī)院和上海市精神衛(wèi)生中心、上海市兒童醫(yī)學(xué)中心、國際和平婦嬰保健院、上海市兒童醫(yī)院、上海市胸科醫(yī)院等5所?？菩愿綄籴t(yī)院和16個臨床教學(xué)中心，核定床位11999張，是全國臨床教學(xué)資源最豐富的醫(yī)學(xué)院校。
學(xué)院學(xué)術(shù)氣氛濃厚，學(xué)科優(yōu)勢明顯，現(xiàn)有國家教育部重點學(xué)科10個，國家重點實驗室和工程中心3個，教育部重點實驗室和工程中心3個，衛(wèi)生部重點實驗室4個，世界衛(wèi)生組織（WHO）合作中心3個，及一批“211工程”重點建設(shè)學(xué)科。學(xué)院科研成果卓著，科研項目經(jīng)費數(shù)始終在國內(nèi)醫(yī)學(xué)院校中處于領(lǐng)先地位?？蒲许椖俊⒖蒲薪?jīng)費及國家重大重點項目承擔(dān)數(shù)在全國醫(yī)學(xué)院校中處于領(lǐng)先地位?！笆濉币詠?，醫(yī)學(xué)院共獲得市（部）級科技成果獎211項，其中國家自然科學(xué)二等獎1項，國家科技進(jìn)步獎3項。
學(xué)院有悠久的國際學(xué)術(shù)交流傳統(tǒng)，經(jīng)過多年的努力，特別是改革開放以來，學(xué)校的國際教六工作有了很大發(fā)展，形成了層次高、效益好、交往面廣、民間色彩濃、國際影響大的特點。
學(xué)院環(huán)境優(yōu)美，擁有良好的硬件設(shè)施好學(xué)習(xí)環(huán)境，原震旦大學(xué)的法式建筑鑲嵌在園林式的綠樹叢中，四百畝閔行校區(qū)也已列入規(guī)劃，美麗的校園充滿了勃勃生機。
學(xué)院教學(xué)管理嚴(yán)謹(jǐn)，重視教學(xué)研究，是國內(nèi)最早成立醫(yī)學(xué)教育研究室的院校之一，１９９８年又成立了全國高等醫(yī)學(xué)教育學(xué)會臨床醫(yī)學(xué)教育中心，２００４年成立了醫(yī)學(xué)教育研究和發(fā)展中心。學(xué)院教務(wù)處連續(xù)被國家教育部和上海市教育委員會評為全國和上海市優(yōu)秀教務(wù)處。
學(xué)院２００３年１１月接受了教育部專家組對本科教學(xué)工作水平評估和七年制高等醫(yī)學(xué)教育教學(xué)工作兩項評估。教育部２００４年公布了評估結(jié)果，教學(xué)評估取得了“優(yōu)秀”。
